此书历史地位很高,后来的魏收编写《魏书》,唐朝时编修《晋书》,都将此书作为重要参考资料。不过到北宋时已经残缺得只剩二十多卷。司马光编修《资治通鉴》时曾引用过,但已非全貌。
现在,有三种不同版本的《十六国春秋》:一种是明代屠介孙、项琳编写的百卷本,托名为崔鸿,是根据《晋书·载记》、《资治通鉴》以及《艺文类聚》、《太平御览》等涉及十六国史实的书籍补充而成。第二种是《汉魏丛书》中保存的十六卷本,十六国各有一录,这是明朝人根据《晋书·载记》编写的。第三种是清朝的汤球编写的《十六国春秋辑补》,他以上述《十六国春秋》为底本,再以各种类书中所引佚文补足,这是现在研究十六国历史的重要资料。