《隋书·经籍志》称此书《齐书》或《齐史》,宋朝人曾巩开始加上了“南”字,称《南齐书》,以便和李百药的《北齐书》区别。萧子显写齐史以前,有了一些南齐的旧史书籍,比如刘陟的《齐纪》和沈约的《齐纪》。
《南齐书》州郡志每州之下除地理建置沿革外,还简略叙述风土人情,史料价值颇高。《南齐书》中还包括一些北朝史书中没有的材料,可以参照研究。至于祥瑞志的内容,虽然迷信色彩浓重,但关于在永明十一年(即公元493年)九头白象在武昌出现的情况,可以作为考察当时长江流域动物及气候状况的参考。